首先，遊戲片頭以新聞報道方式詮釋了紐約目前發現了一種新型病毒，正在急劇擴散，很多人類受到了感染。隨後主角阿卡特茲（繁中翻譯的真繞口……）美軍陸戰隊員迷迷糊糊的登場了，此時隊友叫你搖下頭（晃動下鼠標即可）。
在與隊友談笑完當前行事後卡特茲所在潛艇被襲擊了，全部隊員迅速逃出潛艇，到第一個門口按“C”蹲下過門，第二個門也是。
當主角抵達第一個艙門時隊友呼叫其幫忙，走到跟前按“F”互動開門。
第1關結束後，主角從昏迷中醒來時自己已經變了樣子，穿上了先前救他的那個人的納米服。該關的主要任務是去尋找博士古德.
納米服擁有智能系統，將阿卡特茲的DNA與衣服結合，動畫中了解到救他的人被大家稱為先知（實際上就是1代黑人隊長），其自身已經被外星病毒嚴重感染，無法繼續執行任務，將其納米服脫下交給了陸戰隊員阿卡特茲並在系統中留下了其任務目標與其影像。
隨後先知為了中斷與病毒的聯系舉槍自殺了。
先知實體旁邊的桌子上有“狗牌”。
第3關開始依然是先去追尋博士古德，並且CELL部隊指揮官洛克哈特命令所有成員見到“先知”（目前所有人都還不知先知已死，而你不是先知）遍將其立刻射殺，走到這裏時會有一外星飛行物撞擊。
隨著撞擊，主角阿卡特茲掉落到了街上，發現CELL成員正在追擊那架外星飛行物並將其擊毀了。
博士古巴依然認為你還是先知，並通知你立刻去外星飛行物失事地點獲取外星生物的樣本，這有可能是打敗外星人的關鍵所在。街道走到底左轉進入停車場。
停車場內到處都是CELL成員，殺敵時配合好隱匿能力，盡快射殺。
阿卡特茲和古德的匯合點已經被CELL成員入侵了，古德已經逃到了新的匯合點，而古德的實驗室裏有很多重要的資料，不能被CELL成員得到，所以阿卡特茲被要求在CELL成員找到那些資料前將機器摧毀。
一開始先隱匿將狙擊手刺殺，拾起他的狙，按“X”換上消聲器，由於敵人眾多，所以盡量不要殺敵，以免拖延戰鬥。
拾起狙後從右側跳到一堆集裝箱下方。
潛入水中不會被敵人發現，一直潛到離任務點最近的地方。
當浮出水面時記得開啟隱匿能力，周圍敵人很多，跳上去，爬樓梯。
從木板上走到對面。
由於與古德博士匯合時其所在初的系統裝置能力不足，需要尋找新的裝置來監測阿卡特茲所穿生化裝的異狀，然而古德發現了在華爾街指揮所裏就有新的裝置，本是用來捉住“先知”後送往此地研究。這套裝置正好現在派上了用場。
出來後徑直跑，加速跑然後大跳躍到對面房頂。
翻上牆頭。
這時發現了外星運輸飛行物，投下了多個外星人。
跳到對面的房頂。
阿卡特茲的聲東擊西奏效了，把華爾街指揮所的大部分敵人都吸引走了，古德博士將會從地下進入研究室，而你將要從樓頂下到指揮所。
出來後開啟按“Q”開啟防禦能力跳下去，不然會摔死……
跳到玻璃上從左側走，發現對面樓層上有一隊CELL成員，隱匿跳過去，一個個暗殺。
使用狙將對面機槍台上的敵人殺掉，地面上的敵人基本上可以不用管，被發現了也無妨，因為咱們是從樓頂走，不下去，下去是找死……
繼續從左側跳到另一棟樓頂。
阿卡特茲從昏迷中醒過來時，一堆外星小蟲趴在身上，這時，通訊器上出現了一個人，哈格瑞夫，就是他研究的納米生化裝，他告訴阿卡特茲現在應該去敵人的病毒核心，利用生化裝來去摧毀它們。
起身後一直朝著任務點跑就行了，沿途沒有敵人。
到處都是外星小蟲，可以按“V”肉搏或使用武器打死，每個小蟲價值20點納米點數。
走到房子裏面大跳上去，沿途哈格瑞夫會跟你談論一些高層的腐敗。
裏面的人都受到了病毒感染，大多數都跟喪屍一樣，依舊沒有敵人，快速通過。
阿卡特茲由於沒有來得及上飛機被洪水衝走了，不過美軍陸戰隊員找到了它並將周圍來襲的外星人幹掉了。這一關基本上就是考驗你的戰鬥技巧，外星人基本需要全滅才可以過關，盡量保全隊友以增加火力。
這個人貌似是一開始和你在一起的陸戰隊隊友，給了你一把手槍，隨後你就幫助陸戰隊來突出外星人的重圍。
前方不遠會有武器和補給，SCAR武器附帶榴彈掛件，按主鍵盤“2”可切換。
拿上武器之後與陸戰隊在前方會遭到外星人的攻擊，這裏沒什麽好隱匿的了，外星人會與陸戰隊互相戰鬥，其中還有一個精英級的，所以還是不要隱匿了，不然隊友就要全死了……
阿卡特茲從坍塌的橋上落入水中，從水中爬出時看見了CIA塔莎和古德博士，走過去跳上斷層。
上一關發現中央公園被外星機械體托起後，阿卡特茲乘坐上陸戰隊強製征用的CELL部隊飛機來到中央公園上方，這時候你就是獨自一人戰鬥了，需要將最中央的機械體孢子通過生化裝將其修改摧毀外星人。不然五角大樓的高層們就要發射戰術核彈了。
從飛機上跳下來以後一路狂奔到第二輛出租車處開始遇到外星人，這裏會有三個外星人，選擇性幹掉或者隱匿離開。
跳上來以後使用戰術望遠鏡發現前方有許多外星人，精英級和重裝外星人都有。
在旁邊的集裝箱內有彈藥和武器。
